Многим известно, что в МТЛ функционирует образовательная лаборатория «Прототипирование». Существуют различные кванториумы, образовательные центры, на базе которых есть схожие объединения, однако в лицее имеются  серьезные отличия.  Преподаватели  разработали методики по которым школьники независимо от возраста (класса) проходят подготовку как абитуриенты – люди, которые готовятся связать свою жизнь с инженерными профессиями. В лаборатории осуществляется не только работа с 3D-печатью, но и изучение углубленного объемного моделирования, а также классической инженерной графики для того, чтобы обучающийся смог самостоятельно разработать дизайн устройства (прибора) вместе с механическими составляющими и осуществить его печать. Но для его работоспособности необходима «начинка», а для этого нужны знания программирования, сборки электронных устройств, схематехники. Таким образом, обучающиеся в лаборатории «Прототипирования» получают навыки по созданию программируемого электронного устройства или механизма, начиная с идеи, заканчивая сборкой электронной части в самостоятельно разработанный корпус с необходимыми составляющими. Подобного рода подготовка ведется на базе Государственного Морского Университета имени адмирала Ф. Ф. Ушакова вместе  с курсантами,  как источник дополнительных навыков и знаний.